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Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACs

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dc.contributor.author Silva, Bruna Silvestre Rodrigues da
dc.contributor.author Cação, Sandra Bellodi
dc.contributor.author Ivamoto, Suzana Tiemi
dc.contributor.author Silva, Juliana Costa
dc.contributor.author Domingues, Douglas Silva
dc.contributor.author Pereira, Luiz Filipe Protasio
dc.date.accessioned 2015-06-24T18:31:04Z
dc.date.available 2015-06-24T18:31:04Z
dc.date.issued 2013
dc.identifier.citation SILVA, B. S. R. et al. Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACs. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2013, 5 p. pt_BR
dc.identifier.uri http://www.sbicafe.ufv.br:80/handle/123456789/3482
dc.description Trabalho apresentado no VIII Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil pt_BR
dc.description.abstract O café é uma das principais commodities agrícolas mundiais, sendo consumido regularmente por 40% de toda população. As espécies, Coffea arabica L. e Coffea canephora P. são as de maior importância respondendo por 65% e 35% da produção mundial, respectivamente. Em C. arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos para finalização dos trabalhos. Além disso, estreita base genética de C. arabica dificulta a obtenção de cultivares resistentes a várias pragas e doenças, assim como uma maior tolerância a estresses abióticos. A utilização de marcadores moleculares para análise da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para auxiliar o melhoramento e tentar diminuir esses problemas. Neste trabalho foi realizada identificação e análise in silico de SSR’s a partir de dados de RNA-seq de Iapar 59 e de sequências de BACs de Hibrido de Timor 832/2 (CaHT). Para Iapar 59 foram analisados 77 contigs, encontrados 39 SSR’s e desenhados 21 pares de oligonucleotídeos. Para CaHT foram analisados também 77 contigs, encontrados 35 SSR’s e desenhados 29 pares de oligonucleotídeos. Os motivos com maior frequência foram di, tri e tetranucleotídeos, sendo (AT)n o motivo mais frequente entre os dois genótipos. Esta busca de sequências repetitivas é de grande importância para futura validação e aumento desses marcadores para estudos de diversidade genética, mapeamento, e associação com características agronômicas de interesse. pt_BR
dc.format 5 páginas pt_BR
dc.language.iso pt_BR pt_BR
dc.publisher Embrapa Café pt_BR
dc.subject Marcadores SSR’s pt_BR
dc.subject Análise in silico pt_BR
dc.subject RNA-seq pt_BR
dc.subject Cromossomo artificial de bactéria pt_BR
dc.subject.classification Cafeicultura::Genética e melhoramento pt_BR
dc.title Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACs pt_BR
dc.title.alternative Identification and characterization of Coffea arabica microsatellite from RNA sequencing date and BACs pt_BR
dc.type Trabalho de Evento Científico pt_BR

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61_VIII-SPCB-2013.pdf 284.5Kb application/pdf Visualizar/Abrir ou Pre-visualizar

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