UM SOFTWARE PARA EXTRAÇÃO DE ESTs, CONTIGS E SINGLETS DO CAFEST

Abstract

Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformática que normalmente trabalham com esse tipo de arquivo. Os scripts podem ser obtidos mediante solicitação por email.

A major problem currently faced by the Brazilian Coffee Genome Project Database (CafEST) users is the difficulty in manually extract all the sequences stored in their projects from Gene Projects System. Based on this demand, we have developed a computer software to automate the sequence extraction process. Thus, the CafEST user has now the convenience of just informing the program from which project the ESTs, contigs or singlets are supposed to be extracted. The program consists of two scripts, one for extracting ESTs and the other to extract contigs and singlets. Both scripts withdraw the ESTs, contigs and singlets from CafEST and save each one of them in a FASTA file. It makes them easy to be used in other databases and/or bioinformatics tools which commonly work with this sort of file. The scripts can be obtained by email request.