CONSTRUÇÃO DO PERFIL DE EXPRESSÃO GÊNICA DA RESISTÊNCIA À SECA DO CAFÉ A PARTIR DE DADOS DE SEQUENCIAMENTO DE SEGUNDA GERAÇÃO

Abstract

Para estudar os mecanismos moleculares envolvidos na resistência à seca em plantas de café, meristemas de ramos plagiotrópicos dos cultivares de Coffea arabica, IAPAR59 (I59 - planta com provável resistência à seca) e Rubi (R - planta com pouca resistência à seca) crescidas em condições normais (I) e de estresse hídrico (NI) foram coletados e usados para construção de bibliotecas de cDNA que foram sequenciados usando a plataforma GS-FLX Titanium da Roche. Após tratamento dos dados brutos, foram obtidas 207.516, 109.005, 250.413 e 173.693 reads das amostras de I59-I, I59-NI, R-I e R-NI, respectivamente, totalizando mais de 255 Mb. Todas essas bibliotecas foram mapeadas no transcriptoma de Coffea arabica para identificação indireta da expressão de cada gene para cada condição. Do transcriptoma total formado por 55578 contigs, 48730 contigs tiveram reads mapeados e 7899 novos contigs foram formados. Com o banco de dados é possível identificar genes e grupos de genes expressos exclusivamente por uma espécie ou outra, em condição de estresse hídrico ou não. Esses são os primeiros dados de meristema de café submetidos a estresse hídrico, os resultados dessa comparação serão apresentados como dados preliminares de um northern eletrônico para identificação de genes diferencialmente expressos em ambos os cultivares em ambas as condições.

In order to study the molecular mechanisms involved in drought stress tolerance in coffee plants, meristems of plagiotropic branches of the cultivars of Coffea arabica, Iapar59 (I59 - probable plant with drought resistance) and Ruby (R - plant with low drought resistance) grown in normal conditions (I) and water stress (NI) were collected and used for construction of cDNA libraries that were sequenced using the GS FLX Titanium Roche platform. After processing the raw data were obtained 207,516, 109,005, 250,413 and 173,693 reads samples of I59-I I59-NI, RI and R-NI, respectively, totalizing more than 255Mb. All these libraries were mapped against the transcriptome of Coffea arabica to identify expression of each gene for each condition. From the whole transcriptome, consists of 55,578 contigs, 48,730 reads were mapped and 7899 new contigs were created. With this database it is possible to identify genes and groups of genes expressed exclusively by one species or another, on condition of water stress or not. These are the first data from meristem coffee subjected to drought; the results of this comparison will be presented as preliminary data of an electronic northern performed in order to identify differentially expressed genes in both cultivars under both conditions.