NOVOS MARCADORES PARA FINS DE MAPEAMENTO E LOCALIZAÇÃO DE QTLs A PARTIR DE PCR-RFLP DE GENES DO GENOMA CAFÉ BRASILEIRO

Abstract

O mapeamento genético é uma das estratégias mais visadas para fins de melhoramento genético e ganha maior importância a partir do surgimento de marcadores do tipo SNPs ou INDELs, facilitado pelos projetos genomas, sobretudo de ESTs. Assim, análises in silico de busca de polimorfismo SNPs em seqüências relacionadas com qualidade de bebida e derivadas de C.arabica e C.canephora foram analisadas e o polimorfismo entre as duas espécies validado para seis genes (quatro proteases e dois de sacarose) a partir de estudos de laboratório utilizando a técnica PCR-RFLP. Para tanto, após confirmação do polimorfismo nas duas espécies parentais, foram genotipadas 90 plantas F2 derivadas da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora 4x. Após a obtenção dos amplificados, estes foram digeridos com diversas enzimas de restrição de quatro bases (Alu I, Dde I, Eco RI, Hae III, Mse I e Msp, Fnu DII, Taq I; Scr FI). Dos seis genes analisados, quatro deles apresentaram segregação do tipo 3:1 na população F2 (Cisteína 8, Cisteína 5, β-Fructosidase e Sacarose Fosfato Sintase), demonstrando a utilização dos mesmos para fins de mapeamento.

The genetic mapping strategy is very targeted for breeding and its importance is growing with the emergence of SNPs or INDELs markers, facilitated by the genome project, especially for ESTs. Thus, in silico analysis of polymorphic SNPs in sequences related to cup quality and derive from C.arabica and C.canephora were analyzed and the polymorphisms between the two species validated for six genes (four proteases and two sucrose) from laboratory studies using PCR-RFLP technique. Thus, after confirmation of polymorphism in both parental species, 90 F2 plants derived from self an interspecific hybrid of Coffea arabica and C. canephora 4x were genotyped. After obtaining the amplified, they were digested with various restriction enzymes of four bases (Alu I, DDE I, Eco RI, Hae III, Mse I and Msp, Fnu DII, Taq I, Scr FI). Of the six genes analyzed, four of them showed 3:1 segregation in the F2 population (Cysteine8, Cysteine 5, β-Fructosidase and sucrose phosphate synthase), demonstrating the use of them for mapping. Key words: Coffea spp., cup quality, assisted selection, restriction enzymes, ESTs, candidate genes.