Identificação de polimorfismos de nucleotídeos únicos em montagem de ESTs de três espécies de café

Abstract

A partir do seqüenciamento de ESTS de três espécies de café, Coffea arabica, Coffea canephora e Coffea racemosa, foi aberta uma série de possibilidades para o estudo de características diferenciais entre essas espécies. Características fenotípicas de interesse agronômico podem ser estudadas molecularmente através da análise de transcritos dessas três espécies e também através do mapeamento de um conjunto de genes alvos para programas de melhoramento genético. Neste trabalho foi realizado um agrupamento de ESTs das três espécies por similaridade visando estudo de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs). A partir de parâmetros de similaridade (>95%) e sobreposição (>100 bp) foram construídos 15.885 contigs, e nestes observa-se uma freqüência de 0,47 SNPs a cada 100 pb. Os resultados foram armazenados para consulta visando futuros estudos de variabilidade em indivíduos de cada espécie e entre estas três espécies.

The sequencing of the ESTS of three coffee species transcriptome, Coffea arabica, Coffea canephora and Coffea racemosa, opened many possibilities for studying different characteristics between these species. Fenotipical characteristics of agronomic interest can be molecularly studied through the transcript analysis of these three species and also through the mapping of a set of target genes for genetic improvement programs. In this work, a clustering for similarity of ESTs of the three species was carried, aiming a study of single nucleotide polymorphisms (SNPs). Using parameters of similarity (>95%) and overlapping (>100 bp) 15,885 contigs have been constructed, which contain a frequency of 0,47 SNPs for 100 bp. The results were stored for consults and future studies of variability in individuals of each species and between these three species.