Utilizaram-se os marcadores RAPD para estudar a diversidade genética de 120 isolados de Hemileia vastatrix, de cafeeiros de seis municípios da Zona da Mata e do Sul de Minas Gerais, sob dois sistemas de cultivos: convencional e orgânico. Considerando todos os locos, a diversidade gênica (h) foi de 0,28 e a diferenciação genética (Gst) de 0,22. Nas lavouras sob cultivo orgânico, ocorreram maiores valores de h (0,29) e Gst (0,25). Comparando-se as regiões de cultivo, na Zona da Mata ocorreram maior h (0,27), porém menor Gst (0,17). Os valores de h e do número de migrantes (Nm) máximos ocorreram nos municípios de Tombos (0,29) e Poços de Caldas (11,90), respectivamente. Pelas análises filogenéticas e de agrupamento, não foi possível identificar grupos de isolados com características que permitissem relacioná-los quanto à origem e ao sistema ou região de cultivo.
A total of 120 isolates of Hemileia vastatrix were obtained from two coffee crop systems (conventional and organic) and six counties of the Zona da Mata and Sul de Minas regions of Minas Gerais State. Genetic diversity was assessed with RAPD markers. Over all loci, the genetic diversity (h) was 0.28 and the genetic differentiation (Gst) was 0.22, therefore the Gst was considered high. Higher h (0.29) and Gst (0.25) values were estimated for the plants grown under organic system. When regions were compared, for Zona da Mata we estimated high h (0.27), but low Gst (0.17) values. The highest h and number of migrants (Nm) values were estimated for Tombos (0.29) and Poços de Caldas (11.90) counties, respectively. The cluster analysis did not show any structure regarding the origin, crop system or production region of the isolates.