Diferentes coeficientes de similaridade para análise de agrupamento de genótipos de Coffea canephora com base em marcadores moleculares

Abstract

O objetivo deste trabalho foi comparar o agrupamento de 80 genótipos de C. canephora com 15 diferentes coeficientes de similaridade, obtidos por meio de marcadores moleculares RAPD. Os coeficientes de similaridade analisados foram: Jaccard, Nei e Li, Ochiai, Índice II, Coincidência simples, Rogers e Tanimoto, Sokal e Sneath, Yule, Índice I, Haman, Ochiai II, Índice III, Russel e Rao, Baroni et al. e Sokal. As estimativas de similaridade (Sgii’) entre todos os pares de genótipos (ii’) foram convertidas em dissimilaridade por meio do complemento aritmético dos coeficientes utilizados (Dgii’ = 1 - Sgii’). Para a análise de agrupamento dos genótipos foi empregado o método de otimização de Tocher. Verificaram-se diferenças quanto ao número de grupos formados com a utilização dos diferentes coeficientes de similaridade, variando de quatro a 43. Houve concordância entre os coeficientes de Jaccard, Nei e Li, Ochiai, Índice II, Coincidência simples, Rogers e Tanimoto, Sokal e Sneath, Yule, Índice I, Haman, Ochiai II, Índice III e Baroni et al. quanto ao agrupamento dos genótipos mais dissimilares e mais similares. Os coeficientes de Russel e Rao e Sokal apresentaram dados discrepantes e sugere-se que não sejam utilizados. Os resultados em conjunto caracterizam a necessidade de estudos complementares para acurácia na definição do (s) coeficiente (s) para a análise de dados moleculares obtidos por meio de marcadores dominantes RAPD em C. canephora.

The objective of this work was to compare the grouping of genotypes of C. canephora by using 15 different coefficients of similarity, obtained by means of RAPD molecular markers. The coefficients of similarity analyzed were: Jaccard, Nei and Li, Ochiai, Indice II, Simple coincidence, Rogers and Tanimoto, Sokal and Sneath, Yule, Indice I, Haman, Ochiai II, Indice III, Russel and Rao, Baroni et al. and Sokal. To analyze the grouping of the genotypes the method of optimization of Tocher was used. Differences in the number of groups formed using the different coefficients of similarity, varying from four to 43, were verified. There was agreement between the coefficients of Jaccard, Nei and Li, Ochiai, Indice II, Simple coincidence, Rogers and Tanimoto, Sokal and Sneath, Yule, Indice I, Haman, Ochiai II, Indice III and Baroni et al. in grouping the genotypes most dissimilar and most similar; the coefficients of Russel and Rao and Sokal presented data discrepancies thus their use is not suggested. The results demonstrate the necessity of complementary studies for a precise definition of the best coefficient for analysis of molecular data obtained by dominant RAPD markers in C. canephora.