Expressão in silico de genes MADS-box em Coffea arabica

Abstract

Genes MADS-box constituem uma família de fatores de transcrição que atuam como reguladores-chave em muitas etapas no desenvolvimento de diversos organismos. Em plantas estão envolvidos em processos de identidade do meristema, tempo de florescimento, caracterização do órgão floral, desenvolvimento do fruto, entre outros. Baseado em regiões conservadas das seqüências de genes MADS, foi realizada uma busca por prováveis membros dessa família dentro do banco de dados CAFEST. Após o processo de busca e seleção de reads relacionados ao domínio MADS, foi feita a montagem dos EST-contigs, alinhamento entre seqüências relacionadas publicadas, análise filogenética, e análises de motivos de agrupamento, bem como, do perfil de expressão. Desta forma, foi possível identificar 27 seqüências relacionadas ao domínio MADS-box, sendo todas elas classificadas nos subdomínios pertencentes ao tipo II de proteínas, ou seja, com estrutura do tipo MIKC. A maioria delas foi expressa em bibliotecas de tecidos reprodutivos, mas também foram encontradas sendo expressas em tecidos vegetativos e algumas, em ambas. O presente trabalho é um estudo comparativo entre seqüências que surge como uma importante ferramenta para identificação de genes, baseada em uma característica de interesse, para trabalhos na área de manipulação genética.

MADS-box genes constitute a family of transcription factors that act as regulator proteins in many levels in the development of several organisms. In plants they are involved in processes meristem identity, flowering time, characterization of the floral organ, development of the fruit, amongst others. Based in the conserved regions of MADS sequences, it was realized a search for putative MADS genes in the CAFEST database. After searching and selection of reads related to the MADS domain, it was assembled the EST-contigs, alignment between related sequences published, phylogenetic analysis, and clustering, as well as, the expression profile. It was possible to identify 27 sequences related to the MADS-box domain, being all classified into the subdomains type II of proteins, known as MIKC-type. The majority of the genes were expressed in reproductive tissues libraries and also in vegetative tissues, and some of them, in both. The present work is a comparative study between sequences that appear as an important tool for identification of genes, based on the characteristic of interest, helping experiments in the area of genetic manipulation.