Diferenciação genética interspecífica e análise de pedigree em Coffea identificada com marcadores ISSR (Inter simple sequence repeats)

Abstract

Marcadores moleculares contidos entre seqüências curtas de DNA repetitivo (ISSRs) foram utilizados para análise da distância genética entre espécies e para determinação da origem de sete híbridos interespecíficos de Coffea. Um total de 14 primers, contendo diferentes seqüências simples repetidas (SSR) de DNA, foram combinados dois a dois e usados para amplificação em reações de PCR. As combinações contendo o primer (GA)9+T produziram maior número de marcadores e maior polimorfismo, sugerindo maior freqüência desta classe de dinucleotídio nos genomas de Coffea. Cento e setenta marcadores foram obtidos. Os produtos de amplificação foram analisados pelo método de agrupamentos UPGMA, construído a partir de uma matriz de distância genética. A variação genética interespecífica foi alta, com os valores de distância genética variando de 0,15 entre C. eugenioides e C. kapakata e 0,66 entre C. congensis e C. liberica var. dewevrei. A espécie C. arabica apresentou vários marcadores considerados como diagnósticos, sugerindo que esta espécie é um dos progenitores de cinco dos seis híbridos analisados. Os resultados mostram que marcadores ISSR são úteis para diferenciar espécies e para determinar a paternidade de híbridos interespecíficos de Coffea.

Inter-simple sequence repeat (ISSR) molecular markers were used to measure genetic distance among Coffea species and for the identification of parentage of interspecific hybrids. A total of 14 simple sequence repeats (SSR) primers were combined in pairs and used for PCR amplifications. The dinucleotide motif (GA)9 +T combined with other di- tri- and tetra-nucleotides simple sequence repeats produced greater number of DNA fragments and most of them were polymorphics, suggesting that the poly (GA) is more frequent in the Coffea genomes. One hundred and seventy markers were amplified. The products were used to group the Coffea species by cluster analysis created from a genetic distance data calculated by UPGMA method. High levels of interspecific genetic variation was revealed. The range of genetic distance was from 0.15 between C. eugenioides and C. kapakata to 0,66 entre C. congensis and C. liberica var. dewevrei. The specie C. arabica shared most of its markers with five of the six hybrids suggesting that this species is one of most likely candidate as a progenitor of these hybrids. These results revealed that ISSR markers can be used to differentiate Coffea species and to identification of parentage of Coffea interspecific hybrids.