O grupo Bourbon se destaca dentre as cultivares de café arábica pelas suas características sensoriais superiores e maior valorização no mercado. Além da origem, da sustentabilidade e dos aspectos físicos e sensoriais, a rastreabilidade dos cafés diferenciados é fundamental na valorização do produto final. Este trabalho avaliou a eficiência de um marcador de DNA do tipo microssatélite ou SSR, denominado LEG2, com o objetivo de diferenciar cultivares do grupo Bourbon das principais cultivares plantadas no Brasil. Após a identificação do polimorfismo, foram avaliados a repetibilidade da técnica, o perfil de amplificação em sementes e folhas e a análise de amostras de lavouras comerciais. Esse marcador diferencia o grupo Bourbon das demais cultivares IAC, à exceção de cultivares mais antigas e pouco plantadas no País, como Typica e Amarelo de Botucatu. As cultivares Tupi IAC 1669, do IAC, e Sabiá Tardio, da Fundação Procafé, também apresentam o mesmo alelo dos cafés do grupo Bourbon para o loco LEG2. Pela simplicidade e boa resolução da técnica, o SSR-LEG2 pode ser aplicado no controle de qualidade genética nas fases de pré e pós-melhoramento do cafeeiro, e também para checar a pureza genética de amostras comerciais de café Bourbon.