Se evaluó el efecto de la inoculación de hongos micorrícicos arbusculares en las características morfológicas de plantas clonales de café (Coffea arabica L.) variedad Caturra en ambientes de invernadero. El estudio fue realizado en la provincia de Rodríguez de Mendoza, región Amazonas, Perú, utilizando un diseño completamente al azar con tres repeticiones y trece tratamientos. Los hongos micorrícicos fueron aislados de fincas cafetaleras y multiplicados con plantas trampas de maíz (Zea mays). Los clones de café fueron enraizados en sustrato esterilizado y posteriormente inoculados con 1500 esporas del hongo. Los mejores resultados se encontraron con los hongos provenientes de San Nicolás-1 inoculados en la variedad Típica, inóculos provenientes de Omia V en esta misma variedad y de Omia VI en la variedad Caturra. Con estos inóculos se encontraron diferencias (P < 0.005) en altura de planta, producción de MS de la parte aérea y radicular en relación con el testigo sin inocular. La colonización radicular y la población de micelio extra-radicular fueron afectados por la procedencia de los HMA. Este estudio confirma que el cultivo de café es dependiente de la asociación simbiótica con hongos micorrícicos arbusculares nativos (HMA-N), ayudando en la absorción de nutrientes y agua necesarios para el crecimiento y desarrollo de las plantas.