Assessment of EST-SSR markers for genetic analysis on coffee

Abstract

EST-SSR markers were used to investigate the genetic diversity among and within coffee populations, to explore the possibility of their use for fingerprinting of cultivars and to assist breeding programs. Seventeen markers, developed from ESTs (Expressed Sequence Tags) from the Brazilian Coffee Genome Project, were used. All markers showed polymorphism among the genotypes assessed. The average number of allele per primer was 5.1. The highest polymorphisms were found within C. canephora (88.2%) and rust-resistant varieties (35.3%). About 29.4% of the markers differentiated C. arabica from Híbrido de Timor; it was also possible to identify those closest and farthest from C. arabica . The analysis of population-grouped genotypes revealed a 64.0% genetic diversity among and a 36.0% genetic diversity within populations. The differentiation index was 0.637. Six markers distinguished four rust-resistance varieties, showing their fingerprinting potential. These results demonstrate the usefulness of EST-SSR markers for cross orientation, in diversity and introgression studies, and in genetic mapping.

No estudo da diversidade genética entre e dentro de populações de café, foram usados marcadores EST-SSR, visando avaliar seu potencial para identificar cultivares comerciais e assistir programas de melhoramento. Os 17 marcadores utilizados foram desenvolvidos a partir das seqüências ESTs do Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em todos os marcadores observou-se polimorfismo entre os genótipos avaliados, com um número médio de 5,1 alelos por primer. Os maiores polimorfismos foram constatados dentro de C. canephora (88,2%) e em variedades resistentes à ferrugem (35,3%). Dos marcadores analisados, 29,4% distinguiram C. arabica dos Híbridos de Timor (HDT), sendo possível identificar os mais próximos e os mais distantes de C. arabica . A análise dos genótipos agrupados por população revelou diversidade genética de 64% entre populações e 36% dentro delas, com um índice de diferenciação de 0,637. Em seis marcadores distinguiram-se quatro variedades resistentes à ferrugem, constando seu potencial para fingerprint. Esses resultados demonstram a utilidade dos EST-SSR para orientações dos cruzamentos e estudos de diversidade, introgressão e mapeamento genético.